Panoramica

Il laboratorio studia come la diversità genetica e le aberrazioni genomiche impattino sull’evoluzione e sulla progressione tumorale. Lo scopo è contribuire all’avanzamento del campo dell’Oncologia di Precisione identificando biomarcatori per predire la progressione tumorale, guidare la selezione farmacologica e seguire la risposta dei pazienti ai trattamenti, attraverso l’integrazione di studi basati su tessuti e biopsie liquide. Il laboratorio integra approcci molecolari e computazionali su larga scala con interesse specifico per i tumori GU ed è coinvolto in studi collaborativi internazionali riguardanti il tumore prostatico.
Sito del laboratorioThe SPICE project

Indirizzi di ricerca

  • Identificazione e validazione di combinazioni di letalità sintetica a partire da studi genomici allele-specifico da sequenze di migliaia di tumori umani (studi pan-tumorali, finanziato da ERC, MIUR, FTRT);
  • Definizione delle caratteristiche molecolari coinvolte nella trans-differenziazione dell’adenocarcinoma prostatico verso un fenotipo indipendente dal recettore degli androgeni, inclusa la forma neuroendocrina (finanziato da NIH, PCF);
  • Studio dell’effetto di varianti ereditarie in regioni attive a livello trascrizionale o di regolazione cromatinica in specifiche sotto-classi molecolari di tumori prostatici (finanziato da AIRC);
  • Studio dell’effetto delle alterazioni somatiche e varianti ereditarie in geni del riparo del DNA (DRG) sull’aggressività dei tumori prostatici (finanziato da MIUR, FTRT);
  • Sviluppo di metodi e test multi-analita a partire da biopsie liquide nell’ambito della ricerca traslazionale e clinica nei tumori al seno e prostatici (finanziato da NIH, PCF, CRUCK-AIRC-Accellerator Award, Fondazione Caritro)

Membri del gruppo

  • Francesca Demichelis, PI
  • Riccardo Bevilacqua, dottorando (exp.)
  • Thomas Cantore, dottorando (comp.)
  • Yari Ciani, ricercatore post-doc (comp.)
  • Giacomo D’Amato, ricercatore (comp.)
  • Giulia Fracassi, dottoranda (exp.)
  • Gian Marco Franceschini, dottorando (comp.)
  • Paola Gasperini, ricercatrice post-doc (exp.)
  • Francesca Lorenzin, ricercatrice post-doc (exp.)
  • Angela Martinelli, ricercatrice (exp.)
  • Vera Mugoni, ricercatrice post-doc (exp.)
  • Caterina Nardella, program manager
  • Francesco Orlando, dottorando (comp.)
  • Marta Paoli, dottoranda (comp.)
  • Orsetta Quaini, ricercatrice (exp.)
  • Simone Tomasini, ricercatrice(exp.)
  • Federico Vannuccini, dottorando (comp.)
  • Alessia Villani, ricercatrice (exp.)

Ci sono posizioni aperte, contattare: f.demichelis [at] unitn.it

Collaborazioni

  • Gert Attard, UCL, London
  • Himisha Beltran, DFCI, Boston
  • Matteo Benelli, Prato, Italy
  • Dolores Di Vizio, Cedars-Sinai, Los Angeles
  • ​Olivier Elemento, Weill Cornell Medicine, New York
  • Bishoy Faltas, Weill Cornell Medicine, New York
  • Helmut Klocker, University Hospital Innsbruck, Innsbruck
  • Mark A Rubin, University of Bern, Bern

Pubblicazioni selezionate (2011-2017)

Ciani Y, Fedrizzi T, Prandi D, Lorenzin F, Locallo A, Gasperini P, Franceschini GM, Benelli M, Elemento O, Fava LL, Inga A, Demichelis F. Allele-specific genomic data elucidate the role of somatic gain and copy-number neutral loss of heterozygosity in cancer. Cell Syst. 2021 Oct 26:S2405-4712(21)00383-5. doi: 10.1016/j.cels.2021.10.001.

Benelli M, Franceschini GM, Magi A, Romagnoli D, Biagioni C, Migliaccio I, Malorni L, Demichelis F. Charting differentially methylated regions in cancer with Rocker-meth. Commun Biol. 2021 Nov 2;4(1):1249. doi: 10.1038/s42003-021-02761-3.

Wu A, Cremaschi P, Wetterskog D, Conteduca V, Franceschini GM, Kleftogiannis D, Jayaram A, Sandhu S, Wong SQ, Benelli M, Salvi S, Gurioli G, Feber A, Pereira MB, Wingate AM, Gonzalez-Billalebeitia E, De Giorgi U, Demichelis F., Lise S, Attard G. Genome-wide plasma DNA methylation features of metastatic prostate cancer. J Clin Invest. 2020 Apr 1;130(4):1991-2000. doi: 10.1172/JCI130887.

Beltran H, Romanel A, Conteduca V, Casiraghi N, Sigouros M, Franceschini GM, Orlando F, Fedrizzi T, Ku SY, Dann E, Alonso A, Mosquera JM, Sboner A, Xiang J, Elemento O, Nanus DM, Tagawa ST, Benelli M, Demichelis F. Circulating tumor DNA profile recognizes transformation to castration-resistant neuroendocrine prostate cancer. J Clin Invest. 2020 Apr 1;130(4):1653-1668. doi: 10.1172/JCI131041.

Persi E, Prandi D, Wolf YI, Pozniak Y, Barnabas GD, Levanon K, Barshack I, Barbieri C, Gasperini P, Beltran H, Faltas BM, Rubin MA, Geiger T, Koonin EV, Demichelis F., Horn D. Proteomic and genomic signatures of repeat instability in cancer and adjacent normal tissues. Proc Natl Acad Sci U S A. 2019 Aug 20;116(34):16987-16996. doi: 10.1073/pnas.1908790116. Epub 2019 Aug 6.

Abida W, Cyrta J, Heller G, Prandi D, Armenia J, Coleman I, Cieslik M, Benelli M, Robinson D, Van Allen EM, Sboner A, Fedrizzi T, Mosquera JM, Robinson BD, De Sarkar N, Kunju LP, Tomlins S, Wu YM, Nava Rodrigues D, Loda M, Gopalan A, Reuter VE, Pritchard CC, Mateo J, Bianchini D, Miranda S, Carreira S, Rescigno P, Filipenko J, Vinson J, Montgomery RB, Beltran H, Heath EI, Scher HI, Kantoff PW, Taplin ME, Schultz N, deBono JS, Demichelis F., Nelson PS, Rubin MA, Chinnaiyan AM, Sawyers CL. Genomic correlates of clinical outcome in advanced prostate cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2019 Jun 4;116(23):11428-11436. doi: 10.1073/pnas.1902651116. Epub 2019 May 6.

Mu P, Zhang Z, Benelli M, Karthaus WR, Hoover E, Chen C-C, Wongvipat J, Ku S-Y, Gao D, Cao Z, Shah N, Adams EJ, Abida W, Watson PA, Prandi D, Huang C-H, de Stanchina E, Lowe SW, Ellis L, Beltran H, Rubin MA, Goodrich DW, Demichelis F., Sawyers CL. SOX2 promotes lineage plasticity and antiandrogen resistance in TP53 and RB1 deficient prostate cancer. Science. 2017 Jan 6;355(6320):84-88.

Romanel A, Garritano S, Stringa B, Blattner M, Dalfovo D, Chakravarty D, Cotter KA, Petris G, Dhingra P, Gasperini P, Cereseto A, Elemento O, Sboner A, Khurana E, Inga A, Rubin MA, Demichelis F. Inherited determinants of early recurrent somatic mutations in prostate cancer. Nat Commun. 2017 Jun 29;8(1):48.

Rubin MA, Girelli G, Demichelis F. Genomic Correlates to the newly proposed Grading Prognostic Groups for Prostate Cancer. Eur Urol. 2016 Apr;69(4):557-60.

Beltran H &, Prandi D, Mosquera JM, Benelli M, Puca L, Cyrta J, Marotz C, Giannopoulou E, Chakravarthi BV, Varambally S, Tomlins SA, Nanus DM, Tagawa ST, Van Allen EM, Elemento O, Sboner A, Garraway L., Rubin MA., Demichelis F. Divergent clonal evolution of androgen receptor indifferent castration resistant prostate cancer. Nat Med. 2016 Mar;22(3):298-305.

Faltas BM, Prandi D, Tagawa ST, Molina AM, Nanus DM, Sternberg C, Rosenberg J, Mosquera J-M, Robinson B, Elemento O, Sboner A, Beltran H., Demichelis F., Rubin MA.. Clonal Evolution of Chemotherapy-resistant Urothelial Carcinoma. Nat Genet. 2016 Dec;48(12):1490-1499.

Mugoni V, Ciani Y, Nardella C, Demichelis F. Circulating RNAs in prostate cancer patients. Cancer Lett. 2022 Jan 1;524:57-69. doi: 10.1016/j.canlet.2021.10.011. Epub 2021 Oct 14. Review

Beltran H, Demichelis F. Therapy considerations in neuroendocrine prostate cancer: what next?
Endocr Relat Cancer. 2021 Jul 15;28(8):T67-T78. doi: 10.1530/ERC-21-0140. Review

Persi E, Wolf YI, Horn D, Ruppin E, Demichelis F, Gatenby RA, Gillies RJ, Koonin EV. Mutation-selection balance and compensatory mechanisms in tumour evolution. Nat Rev Genet. 2021 Apr;22(4):251-262. Review