Panoramica

Le proteine leganti l’RNA (RBP) e il loro impatto sull’espressione dei geni sono il più delle volte studiati individualmente. Tuttavia, concentrarsi su una sola RBP alla volta porta a disegnare modelli che non tengono in conto la grande complessità di questo livello della regolazione dell’espressione genica. L’interesse principale del laboratorio è quindi lo studio dell’azione concorrente di multiple RBP, modellando le reti di regolazione post-trascrizionale tramite strumenti della biologia computazione e molecolare. Siamo particolarmente interessati a esplorare le interazioni cooperative e competitive tra RBP, e a capire come l’alterazione di questi fenomeni possa influenzare l’insorgere e il progredire del cancro.
RBP-RBP interaction mechanisms

Indirizzi di ricerca

Modelli di interazione tra RBP: Comprendere come e se due proteine leganti l’RNA cooperano o competono ci permetterà di descrivere gli effetti di queste interazioni sui loro RNA bersaglio e sui processi cellulari coinvolti. Progettiamo ed implementiamo algoritmi per identificare i meccanismi di interazione delle RBP sfruttando approcci di intelligenza artificiale all’avanguardia, applicandoli a dati di espressione e interazione RNA-proteine su interi trascrittomi.

Reti post-trascrizionali nell’adenocarcinoma del pancreas: L’adenocarcinoma pancreatico duttale è una malattia letale, con un tasso di sopravvivenza di appena il 5% e incidenza in crescita.
La mancanza di terapie efficaci richiede quindi strategie terapeutiche innovative. La regolazione post-trascrizionale è ampiamente alterata in questo tipo tumorale: analizziamo alterazioni genetiche che coinvolgono le RBP e studiamo le loro conseguenze sulle reti di regolazione post-trascrizionali. Il nostro obiettivo a lungo termine è quello di sviluppare nuove possibilità terapeutiche per questo tumore, basate sui meccanismi di interazione tra RBP.

Reti epitrascrittomiche nel cancro: Le modifiche chimiche dell’RNA sono recentemente emerse come un nuovo, complesso aspetto della regolazione post-trascrizionale, di cui comprendiamo ancora poco. Analizziamo dati ad alta processività sulle modifiche dell’RNA con lo scopo di identificare fenomeni di cooperazione e competizione tra gli enzimi che scrivono, leggono e cancellano queste modifiche chimiche. Usiamo i dati così generati per studiare come le alterazioni di questi meccanismi possano influenzare la progressione di varie tipologie di tumore

Membri del gruppo

  • Erik Dassi, PI
  • Eliana Destefanis, studentessa di dottorato
  • Carlos Peula Cordero, studente di dottorato
  • Sébastien Bourdon, studente di dottorato (in co-supervisione with Stefania Millevoi @ CRCT, Toulouse, France)
  • Valentina Fambri, tirocinante Laurea Magistrale, Università di Innsbruck, Austri

Collaborazioni

  • Stefania Millevoi, Cancer Research Centre of Toulouse, Toulouse, France
  • Francisca Aguilo, Wallenberg Center for Molecular Medicine, Umeå University, Umeå, Sweden
  • Lorenzo Montanaro, DIMES - University of Bologna, Bologna, Italia
  • Alberto Inga, Department of Cellular, Computational and Integrative Biology - CIBIO, University of Trento, Trento, Italia
  • Alessandro Quattrone, Department of Cellular, Computational and Integrative Biology - CIBIO, University of Trento, Trento, Italia

Pubblicazioni selezionate

Herviou P, LeBras M, Dumas L, Hieblot C, Gilhodes J, Cioci G, Hugnot JP, Ameadan A, Guillonneau F, Dassi E.*, Cammas A*, Millevoi S*. (2020) hnRNP H/F drive RNA G-quadruplex-mediated translation linked to genomic instability and therapy resistance in glioblastoma. Nature Communications, doi: 10.1038/s41467-020-16168-x.

Rizzotto D, Zaccara S, Rossi A, Galbraith MD, Andrysik Z, Pandey A, Sullivan KD, Quattrone A, Espinosa JM, Dassi E.*, Inga A*. (2020) Nutlin-induced apoptosis is specified by a translation program regulated by PCBP2 and DHX30. Cell Reports. doi: 10.1016/j.celrep.2020.03.011.

Quattrone A, Dassi E. (2019) The architecture of the human RNA-binding protein regulatory network. iScience, 21:706-19. doi: 10.1016/j.isci.2019.10.058.

Dassi E. (2017) Handshakes and fights: the regulatory interplay of RNA-binding proteins. Front Mol Biosci, 4:67. doi: 10.3389/fmolb.2017.00067.

Editor Dassi E. (2016) Post-Transcriptional Gene Regulation: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology. Springer, doi: 10.1007/978-1-4939-3067-8.

Dassi E., Re A, Leo S, Tebaldi T, Pasini L, Peroni D, Quattrone A. (2014) AURA 2: Empowering discovery of post-transcriptional networks. Translation, 2(1): e27738. doi: 10.4161/trla.27738.