Genomica microbiale

Il nostro gruppo è interessato allo studio dei genomi batterici e delle associazioni genotipo/fenotipo. La maggior parte delle funzioni codificate dai genomi batterici non sono ancora state caratterizzate e potrebbero trovare potenziali applicazioni nei settori biomedico, ambientale e industriale.

Linee di ricerca

  • La popolazione biologica dei batteri patogeni
    Studiamo le differenze interceppo in P. aeruginosa e S. maltophilia in termini di struttura e/o espressione del genoma come potenziale causa sottesa delle variazioni nel fenotipo di virulenza e nello sviluppo della resistenza multi-farmaco.
  • Il microbioma delle terme
    Il progetto consiste nella combinazione di approcci culturalmente dipendenti (culturomica, dosaggi funzionali) e approcci culturalmente indipendenti (metagenomica) per caratterizzare la diversità tassonomica e funzionale di questo ambiente ancora inesplorato con proprietà terapeutiche contro le malattie allergiche cutanee.
  • Bianconi I, D'Arcangelo S, Esposito A, Benedet M, Piffer E, Dinnella G, Gualdi P, Schinella M, Baldo E, Donati C, Jousson O. Persistence and microevolution of Pseudomonas aeruginosa in the cystic fibrosis lung: a single-patient longitudinal genomic study. Submitted.
  • Esposito A, Pompilio A, Giacobazzi E, Bettua C, Crocetta V, Fiscarelli E, Jousson O, Di Bonaventura G. 2017. Evolution of Stenotrophomonas maltophilia in cystic fibrosis lung over chronic infection: a genomic and phenotypic population study. Front Microbiol 8: 1590
  • Tett A, Pasolli E, Farina S, Truong T, Asnicar F, Zolfo M, Beghini F, Armanini F, Jousson O, De Sanctis V, Bertorelli R, Girolomoni G, Cristofolini M, Segata N. 2017. Unexplored diversity and strain-level structure of the skin microbiome associated with psoriasis. NPJ Biofilms Microbiomes 3: 14
  • Fedrizzi T, Meehan C, Grottola A, Giacobazzi E, Fregni Serpini G, Tagliazucchi S, Fabio A, Bettua C, Bertorelli R, De Sanctis V, Rumpianesi F, Pecorari M, Jousson O, Tortoli E, Segata N. 2017. Genomic characterization of Nontuberculous Mycobacteria. Sci Rep 7: 45258
  • Hong TP, Carter MQ, Struffi P, Casonato S, Hao Y, Lam JS, Lory S, Jousson O. 2017. Conjugative type IVb pilus recognizes lipopolysaccharide of recipient cells to initiate PAPI-1 pathogenicity island transfer in Pseudomonas aeruginosa. BMC Microbiol 17: 31
  • Zolfo M, Tett A, Jousson O, Donati C, Segata N. 2017. MetaMLST: multi-locus strain-level bacterial typing from metagenomic samples. Nucleic Acids Res 45 (2): e7
  • Donati C, Zolfo M, Albanese D, Truong DT, Asnicar F, Iebba V, Cavalieri D, Jousson O, De Filippo C, Huttenhower C, Segata N. 2016. Uncovering oral Neisseria tropism and persistence using metagenomic sequencing. Nat Microbiol 1: 16070
  • Ballarini A, Segata N, Huttenhower C, Jousson O. 2013. Simultaneous quantification of multiple bacteria by the BactoChip microarray designed to target species-specific marker genes. PLoS One 8: e55764
  • Ballarini A, Scalet G, Kos M, Cramer N, Wiehlmann L, Jousson O. 2012. Molecular typing and epidemiological investigation of clinical populations of Pseudomonas aeruginosa using an oligonucleotide-microarray. BMC Microbiol 12: 152
  • Segata N, Waldron L, Ballarini A, Narasimhan V, Jousson O, Huttenhower C. 2012. Metagenomic microbial community profiling using unique clade-specific marker genes. Nat Methods 9: 811-814
  • Janjua HA, Segata N, Bernabò P, Tamburini S, Ellen A, Jousson O. 2012. Clinical populations of Pseudomonas aeruginosa isolated from acute infections show a high virulence range partially correlated with population structure and virulence gene expression. Microbiology 158: 2089-2098
  • Olivier Jousson, ricercatore principale
  • Davide Losa, assegnista di ricerca
  • Craig Winstanley, University of Liverpool, UK
  • Alain Filloux, Imperial College London, UK
  • Nicola Segata, CIBIO-UNITN, Italy
  • Giovanni Di Bonaventura, University of Chieti-Pescara, Italy
  • Michel Monod, University Hospital Lausanne, Switzerland
  • Italo Dell'Eva, Laboratory of Public Health-APSS, Trento, Italy
  • Paolo Lanzafame, Microbiology and Virology Unit-APSS, Trento, Italy
  • Ermanno Baldo, Trentino Cystic Fibrosis Foundation, Rovereto, Italy