Reti di regolazione dell'RNA

Le proteine leganti l’RNA (RBP) e il loro impatto sull’espressione dei geni sono il più delle volte studiati individualmente. Tuttavia, concentrarsi su una sola RBP alla volta porta a disegnare modelli che non tengono in conto la grande complessità di questo livello della regolazione dell’espressione genica. L’interesse principale del laboratorio è quindi lo studio dell’azione concorrente di multiple RBP, modellando le reti di regolazione post-trascrizionale tramite strumenti della biologia computazione e molecolare. Siamo particolarmente interessati a esplorare le interazioni cooperative e competitive tra RBP, e a capire come l’alterazione di questi fenomeni possa influenzare l’insorgere e il progredire del cancro.

Linee di ricerca

  • Modelli di interazione tra RBP: Comprendere come e se due proteine leganti l’RNA cooperano o competono ci permetterà di descrivere gli effetti di queste interazioni sui loro RNA bersaglio e sui processi cellulari coinvolti. Progettiamo ed implementiamo algoritmi per identificare i meccanismi di interazione delle RBP sfruttando approcci di intelligenza artificiale all’avanguardia, applicandoli a dati di espressione e interazione RNA-proteine su interi trascrittomi.
  • Reti post-trascrizionali nell’adenocarcinoma del pancreas: L’adenocarcinoma pancreatico duttale è una malattia letale, con un tasso di sopravvivenza di appena il 5% e incidenza in crescita.
    La mancanza di terapie efficaci richiede quindi strategie terapeutiche innovative. La regolazione post-trascrizionale è ampiamente alterata in questo tipo tumorale: analizziamo alterazioni genetiche che coinvolgono le RBP e studiamo le loro conseguenze sulle reti di regolazione post-trascrizionali. Il nostro obiettivo a lungo termine è quello di sviluppare nuove possibilità terapeutiche per questo tumore, basate sui meccanismi di interazione tra RBP.
  • Reti epitrascrittomiche nel cancro: Le modifiche chimiche dell’RNA sono recentemente emerse come un nuovo, complesso aspetto della regolazione post-trascrizionale, di cui comprendiamo ancora poco. Analizziamo dati ad alta processività sulle modifiche dell’RNA con lo scopo di identificare fenomeni di cooperazione e competizione tra gli enzimi che scrivono, leggono e cancellano queste modifiche chimiche. Usiamo i dati così generati per studiare come le alterazioni di questi meccanismi possano influenzare la progressione di varie tipologie di tumore.

Herviou P, LeBras M, Dumas L, Hieblot C, Gilhodes J, Cioci G, Hugnot JP, Ameadan A, Guillonneau F, Dassi E.*, Cammas A*, Millevoi S*. (2020) hnRNP H/F drive RNA G-quadruplex-mediated translation linked to genomic instability and therapy resistance in glioblastoma. Nature Communications, doi: 10.1038/s41467-020-16168-x.

Rizzotto D, Zaccara S, Rossi A, Galbraith MD, Andrysik Z, Pandey A, Sullivan KD, Quattrone A, Espinosa JM, Dassi E.*, Inga A*. (2020) Nutlin-induced apoptosis is specified by a translation program regulated by PCBP2 and DHX30. Cell Reports. doi: 10.1016/j.celrep.2020.03.011.

Quattrone A, Dassi E. (2019) The architecture of the human RNA-binding protein regulatory network. iScience, 21:706-19. doi: 10.1016/j.isci.2019.10.058.

Dassi E. (2017) Handshakes and fights: the regulatory interplay of RNA-binding proteins. Front Mol Biosci, 4:67. doi: 10.3389/fmolb.2017.00067.

Editor Dassi E. (2016) Post-Transcriptional Gene Regulation: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology. Springer, doi: 10.1007/978-1-4939-3067-8.

Dassi E., Re A, Leo S, Tebaldi T, Pasini L, Peroni D, Quattrone A. (2014) AURA 2: Empowering discovery of post-transcriptional networks. Translation, 2(1): e27738. doi: 10.4161/trla.27738.

  • Erik Dassi, PI
  • Eliana Destefanis, studentessa di dottorato
  • Carlos Peula Cordero, studente di dottorato
  • Sébastien Bourdon, studente di dottorato (in co-supervisione with Stefania Millevoi @ CRCT, Toulouse, France)
  • Valentina Fambri, tirocinante Laurea Magistrale, Università di Innsbruck, Austria
  • Stefania Millevoi, Cancer Research Centre of Toulouse, Toulouse, France
  • Francisca Aguilo, Wallenberg Center for Molecular Medicine, Umeå University, Umeå, Sweden
  • Lorenzo Montanaro, DIMES - University of Bologna, Bologna, Italia
  • Alberto Inga, Department of Cellular, Computational and Integrative Biology - CIBIO, University of Trento, Trento, Italia
  • Alessandro Quattrone, Department of Cellular, Computational and Integrative Biology - CIBIO, University of Trento, Trento, Italia