Overview

La facility di Proteomica e Spettrometria di Massa (MS) del dipartimento CIBO offre l’ accesso a strumentazione allo stato dell’arte per la caratterizzazione di proteine e proteomi complessi. Grazie all’utilizzo di metodi sviluppati ad-hoc per specifiche esigenze, la facility e’ in grado di fornire diversi tipi di analisi che includono l’identificazione e quantificazione di proteine e modifiche post-traduzionali oltre che l’analisi di piccole molecole. 

A questo scopo, la facility include spazi e strumentazione dedicati alla preparazione dei campioni, all’analisi MS e al processamento dei dati ottenuti.

Il nostro principale obiettivo e’ offrire supporto e tecnologie avanzate, in un ambiente altamente collaborativo, per sostenere i ricercatori nel loro lavoro.

Servizi principali

I servizi offerti dalla Facility di Proteomica e Spettrometria di Massa includono:

• Identificazione di proteine in campioni di diversa complessità (es. cellule, tessuti, organelli, vescicole e biofluidi).
• Quantificazione differenziale di proteine (es. di persone sane e pazienti) usando diversi approcci: SILAC, isobaric tags, label-free e targeted.

Quantificazione assoluta di proteine scelte per monitorare processi biologici, usando peptidi sintetici «marcati» con isotopi pesanti. Analisi delle modifiche post-traduzionali (PTMs) delle proteine, come ad esempio metilazioni, acetilazioni e fosforilazioni. Analisi delle interazioni proteina-proteina, proteine-piccole molecola e caratterizzazione dei pathways coinvolti.

Spettrometria di massa 

Ultraflex III (Bruker): spettrometri di massa a tempo di volo dotato di sorgente di ionizzazione MALDI, che viene utilizzato principalmente per l'identificazione di proteine (solo miscela semplice).

Fusion (Thermo Scientific): Spettrometro di massa ibrido ad alte prestazioni, dotato di sorgenti di ionizzazione di tipo ESI e nano-ESI. Viene impiegato principalmente per la caratterizzazione di proteine e proteomi complessi. Sono disponibili diverse opzioni per la  frammentazione degli ioni (dissociazione indotta da collisione - CID, dissociazione per collisione ad alta energia - HCD e dissociazione per trasferimento di elettroni - ETD) e diversi analizzatori di massa (quadrupolo, trappola ionica lineare e Orbitrap®). 

Cromatografia liquida

Cromatografo Liquido UltiMate 3000 RSLC (Thermo Scientific Dionex): sistema HPLC analitico utilizzato per l’analisi di proteine ​​intatte, separazione di metaboliti primari e secondari. Può funzionare come sistema autonomo o interfacciato direttamente con il sistema ESI-MS/MS. È dotato di array di diodi, rivelatore UV a lunghezza d'onda variabile e collettore di frazioni.

Easy-nLC 1200 (Thermo Scientific): sistema nano LC binario ad altissima pressione (UHPLC) che unisce alta processività ed elevatissime prestazioni. E’ utilizzato per la separazione dei peptidi sfruttando. Si interfaccia direttamente con il sistema ESI-MS/MS. La separazione può essere eseguita su colonne a nano flussi commerciali o realizzate internamente.

UltiMate 3000 RSLCnano System (Thermo Scientific Dionex): sistema LC ternario ad altissima pressione(UHPLC) con opzioni di flusso nano o capillare per massimizzare i diversi impieghi permettendo alta processività e separazioni  multidimensionali. Il sistema è integrato con un rivelatore UV/VIS per l'analisi quantitativa e può funzionare come sistema autonomo o direttamente interfacciato con il sistema ESI-MS/MS.